Clima

Por ubicarse en la zona tórrida y a una altura promedio de 200 msnm, el clima de la región es de tipo tropical húmedo, lo que origina grandes cantidades de lluvias casi todo el año (de 3000 a 3600 mm anuales), presentándose igualmente una temporada de sequía que va de diciembre a febrero. Debido a estas circunstancias la temperatura del lugar es alta, oscilando entre los 24 y los 27° diarios.

Geología

Nukak se compone de 2 grandes grupos de paisajes, originados ante todo por la erosión, la meteorización y la sedimentación causados por los ríos y las lluvias. Éstos paisajes son las llanuras aluviales y las serranías. Éstos paisajes se diferencian entre sí no solo en su suelo sino también en su ecología, pareciéndose más a la encontrada en la Sierra de Chiribiquete que la de la Serranía de Caranacoa.

Hidrografía

La reserva hace parte de 2 cuencas: la del río Inírida, que desemboca en el Orinoco, y la del río Vaupés, que desemboca en el Negro. En la reserva se encuentran muchas cabeceras de ríos y caños que son afluentes de éstos, por lo cual la navegabilidad en la zona es limitada. Debido a la alta pluviosidad (unos 3000 a 3500 mm por año) y la baja altura de la región, amplias zonas se inundan originando lagunas temporales, en tanto en la temporada seca el caudal de los ríos se ve ampliamente disminuido.